在五亿多年前，最早的鱼类是由原始有颌脊椎动物演化而来的。从中出现了两个主要类群，其中软骨鱼类基本没有太大变化，比如现代鲨鱼、鳐和鲼，以及银鲛；硬骨鱼类则分化为肉鳍鱼类和辐鳍鱼类。前者进一步演化成四足动物，也就是最早的有肢脊椎动物，并且是两栖类、爬行类、鸟类和兽类的祖先。辐鳍鱼类演化出更多类群，包括超过一半种类的脊椎动物，以及现生多数种类的鱼。
截止到2012年，全世界已发现的鱼类共有32402种（不包括化石种类）并且还在以每年700余种的速度增加着。这些鱼类广泛分布于江、河、湖泊等淡水水系和海、洋等海水水系以及两水系之间的一些半咸淡水域，也包括海水、淡水之间的洄游性种类。而半咸淡水域的种类和洄游性种类都属于海洋鱼类的研究范畴，其总数略少于纯淡水性鱼类。
我国已发现的鱼类（包括引进种类）共4981种，其中纯淡水种类约1200余种，其余均为海洋鱼类。